2003年9月11日，我国驻菲律宾使馆获悉，一艘香港渔船因未办理过境菲水域许可及涉嫌非法捕鱼在巴拉望省附近海域被菲海军抓扣，船上有五名中国人，包括一名港人。使馆马上与当地华人核实情况，同时通报外交部驻香港特派员公署。公署迅速通知特区政府入境处，并向使馆转达了特区政府和公署对此事的关注，请其尽快了解详情，向被扣押船员提供必要的协助与保护。

　　案情经初步核实后，使馆即派官员携慰问品专程赴巴省探望被扣押船员，向他们转达了中央和特区政府以及使馆的关心和慰问。随后，使馆官员约见菲西部军区数位军官，积极做其工作；并见了专程从香港赴菲处理此事的船主。在马尼拉，使馆派官员向菲律宾外交部官员面交照会，提出交涉。使馆还一直与巴省当地华人保持密切联系，随时掌握民间公关工作进展。

　　经多方努力，在渔船船主向巴省当地海关和移民局交纳少量罚款后，9月19日，巴省非法入境委员会同意对渔船和船员不予起诉，立即释放。20日下午3时，渔船离菲返港。